Năm 1990, thành lập Trung tâm Y tế Xây dựng[2], được nâng cấp thành Bệnh viện Xây dựng trực thuộc Bộ Xây dựng vào năm 2005 và được xếp hạng Bệnh viện hạng I năm 2009[3][4].

Ngày 9/11/2022, Thủ tướng Chính phủ ký quyết định số 1376/QĐ – TTg về việc chuyển giao nguyên trạng Bệnh viện Xây dựng thuộc Bộ Xây dựng về trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội[5][6][7][8][9]. Ngày 17/5/2023, Đại học Quốc gia Hà Nội chính thức tiếp nhận nguyên trạng Bệnh viện Xây dựng, tổ chức lại thành Bệnh viện Đại học Y Dược trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội theo quyết định số 1717/QĐ-ĐHQGHN, cùng ngày với lễ công nhận và bổ nhiệm chính thức hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược đối với GS. TS. TTND. Lê Ngọc Thành đang giữ chức vụ hiệu trưởng lâm thời[10].